கடற்றொழில் திணைக்களத்தின் இணையப் பாதுகாப்பானது முக்கியமான தரவுகளைப் பாதுகாப்பதற்கும் செயல்பாட்டு ஒருமைப்பாட்டை உறுதி செய்வதற்கும் முக்கியமானதாகும். சுற்றுச்சூழல் தரவு, வள மேலாண்மை மற்றும் நிதிப் பதிவுகள் உள்ளிட்ட முக்கிய தகவல்களை திணைக்களம் நிர்வகிக்கிறது. அவை, அங்கீகரிக்கப்படாத அணுகல் மற்றும் இணைய அச்சுறுத்தல்களிலிருந்து நிச்சயமாக பாதுகாக்கப்பட வேண்டியவைகளாகும். வலையமைப்புகள் மற்றும் தரவுகளைப் பாதுகாக்க வலுவான குறியாக்கம், ஃபயர்வால்கள் (firewalls) மற்றும் ஊடுருவல் கண்டறிதல் அமைப்புகளை செயல்படுத்துவது முக்கிய நடவடிக்கைகளில் உள்ளடங்கும். மனிதப் பிழைகளை குறைப்பதற்காக இணைய சுகாதாரம் மற்றும் ஃபிஷிங் (phishing) குறித்த விழிப்புணர்வு பயிற்சிகள் அலுவலர்களுக்கு வழங்கப்பட வேண்டும். மேலதிகமாக, இணைய பாதுகாப்பு நடைமுறைகளைப் பின்பற்றுதல் மற்றும் வழக்கமான பாதுகாப்பு தணிக்கைகளை நடத்துதல் என்பன பாதிப்புகளைக் கண்டறிந்து நிவர்த்தி செய்ய உதவுகின்றன.

2022 ஆம் ஆண்டின் தனிப்பட்ட தரவுப் பாதுகாப்புச் சட்டத்தின்படி “தனிப்பட்ட” என்பதன் கீழ் வகைப்படுத்தப்பட்ட தரவுகளை திணைக்களம் கொண்டுள்ளது. 2022 இன் தனிப்பட்ட தரவுப் பாதுகாப்புச் சட்டம் மற்றும் தகவல் பாதுகாப்பு அதிகாரியின் (தரவு பாதுகாப்பு) மேற்பார்வையின் கீழ் குறிப்பிடப்பட்டுள்ள நடைமுறைகளின்படி மட்டுமே இத்தகைய தகவல்கள் பகிரப்படும்.

கடற்றொழில் திணைக்களத்தால் பராமரிக்கப்படும் தகவல் அமைப்புகளின் அனைத்து பயனர்களும் தலைமை தகவல் அதிகாரியுடன் ஒரு ஒப்பந்தத்தில் கையெழுத்திட வேண்டும் மற்றும் திணைக்களத்திடமிருந்து தகவல்களைப் பெற விரும்பும் பிற வெளி தரப்பினர் தரவு பகிர்வு கொள்கையில் (data sharing policy) கையொப்பமிட்டு உடன்படல் வேண்டும்.